Genvägar till sidans innehåll

Bakterier

Virus

Bakterier

Clostridioides difficile – mikrobiell övervakning

Syfte

Att stödja ett långsiktigt förbättringsarbete med vårdhygien och rationellt antibiotikabruk i landet samt agera kvalitetsstöd till laboratorierna. Att följa aktuella genotyper och utvärdera orsaker till förändringar i incidens, detektera lokala utbrott, särskilt fokus ägnas åt spridningsbenägna typer i landet.

Omfattning

Laboratorierna ombeds att, oavsett diagnostisk metod, odla alla positiva prov under två veckor per år (vecka 39-40) och skicka in framodlade C. difficile-isolat. Vidare samlas även information om aktuell diagnostisk metod och prestanda per laboratorium in, samt fallens ålder, kön, uppgift om recidiv och ursprung från primär eller slutenvård.

Metodik

PCR ribotypning och fenotypisk resistensbestämning (sex antibiotika) på ett urval av typer.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Ehec – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av ehec och ge stöd vid utbrottsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder. En del typer av ehec ger oftare upphov till den allvarliga följdsjukdomen HUS (hemolytiskt uremiskt syndrom). Det är viktigt att kartlägga vilka typer som är associerade med allvarlig sjukdom för att möjliggöra en bättre och mer precis diagnostik för identifiering av dessa allvarligare fall. Vid fall av HUS är det särskilt viktigt att bakterien isoleras och typas för att smittspåra och koppla ihop fall med livsmedels- djur- eller miljöisolat.

Omfattning

Alla ehec isolat samlas in. Feces för isolering vid HUS-fall där det lokala laboratoriet inte lyckats isolera.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och shigatoxintyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

ESBLCARBA Enterobacterales – mikrobiell övervakning

Syfte

Att karaktärisera alla fynd av ESBLCARBA-producerande bakterieisolat i familjen Enterobacterales i syfte att detektera nationella spridningar samt förändringar i resistensmekanismer och resistensmönster. ESBLCARBA producerande bakterier är ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien är resistent mot alla tillgängliga antibiotika.

Omfattning

Alla bekräftade ESBLCARBA-producerande isolat inom familjen Enterobacterales samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution samt fenotypisk analys av ESBLCARBA-produktion. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

ESBLCARBA Acinetobacter – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa utvecklingen av karbapenemresistenta Acinetobacter spp. med fokus på förekomst av överförbara resistensgener som ger upphov till resistens mot bredspektrumantibiotikum så som meropenem. Övervakningen bidrar också till stärkt kommunikation av förekomst och typningsresultat då alla resistenta isolat karaktäriseras med samma typningsmetod och subgruppering av resistensgener både nationellt och internationellt. Karbapenemresistenta Acinetobacter spp. är vanligt förekommande och ett stort hot/problem i stora delar av Europa, och anses som ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien blir resistent mot alla tillgängliga antibiotika.

Omfattning

Isolat med nedsatt känslighet för meropenem (I+R).

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

ESBLCARBA Pseudomonas – mikrobiell övervakning

Att karaktärisera alla fynd av ESBLCARBA-producerande Pseudomonas spp. isolat i syfte att detektera nationella spridningar samt förändringar i resistens. ESBLCARBA är ett allvarligt hot mot hälso- och sjukvård på grund av att få behandlingsalternativ finns tillgängliga och att det föreligger en betydande risk att bakterien är resistent mot alla tillgängliga antibiotika.

Omfattning

Alla konfirmerat positiva karbapenemas-producerande Pseudomonas aeruginosa-isolat, inklusive Klass B (till exempel NDM, VIM) och Klass A (till exempel KPC). Konfirmation av karbapenemaser kan utföras med genetisk påvisning eller WGS alternativt med specifik enzympåvisning med immunochromatografisk lateral flow-test. Kriterier för utredning av karbapenemaser hos P. aeruginosa framgår av flödesschema i NordicAST brytpunktstabell.

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning med mikrodilution samt fenotypisk analys av ESBLCARBA-produktion. Klusteranalys för att detektera eventuella släktskap.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

H. influenzae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte

Uppföljning av Hib (Haemophilus influenzae typ b) vaccination inom barnvaccinationsprogrammet. Karaktärisering av isolat för att kunna upptäcka spridning av typer med förändrad spridningsförmåga och virulens. Dessutom följs eventuella förändringar i antibiotikaresistens samt förekomst av vaccinationsgenombrott.

Omfattning

Invasiva isolat från barn under fem år.

Metodik

Helgenomsekvensering med molekylär serotypning. MLST och detektion av ett urval resistensgener och resistensmutationer.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Legionella spp – mikrobiell övervakning

Syfte

Legionella är en anmälningspliktig och smittspårningspliktig sjukdom. Syftet med den epidemiologiska typningen av L. pneumophila är att bidra med information för att bekräfta kluster och utbrott både nationellt och internationellt. Typningen kan också användas för att jämföra sekvenstyp mellan isolat från patient med isolat från miljön. Detta möjliggör identifiering av trolig smittkälla både vid utbrott och sporadiska fall. Övriga arter av legionella samlas in i syfte att få bättre förståelse för artdiversiteten hos diagnostiserade fall.

Omfattning

Insamling av alla isolat av Legionella species från kliniska fall.

Metodik

Helgenomsekvensering av L. pneumophila där sekvenstyp (ST) erhålls samt serotypning med latexagglutination. Övriga arter av legionella artbestäms med MALDITOF.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Listeria monocytogenes – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av listeria och ge stöd vid smittspårningsutredningar. Bidra till kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt genomförande av preventiva och riktade åtgärder, exempelvis informationsinsatser till riskgrupper som immunsupprimerade och gravida. Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.

Omfattning

Alla invasiva isolat samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art, serotyp och MLST-profil. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Mycobacterium tuberculosis (multiresistent) – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med den epidemiologiska typningen är att snabbt upptäcka utbrott och kluster. Okända kopplingar mellan fall kan upptäckas och missad smittspårning påvisas och då åtgärdas/förbättras. Med hjälp av anmälan från behandlande läkare och den typning som utförs så görs en bedömning om patienten har smittats i Sverige eller ej. Multiresistent tuberkulos innebär i regel förlängd smittsamhetstid och kraftigt förlängd total behandlingstid samt stor risk för biverkningar av behandlingen. Spridning av denna form av TB är därför särskilt angelägen att identifiera, bryta och förebygga.

Omfattning

Alla multiresistenta M. tuberculosis isolat samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering. Genetisk detektion av resistensgener kompletteras med fenotypisk resistensbestämning. Klusteranalys för att detektera eventuella släktskap. Samtliga fall inom ett kluster kopplas i SmiNet ihop under utbrott i Milou. Där kan smittskyddsenheter få information om klustret, se hur många andra fall det finns med samma typningsmönster och var någonstans i landet de befinner sig.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

MRSA – mikrobiell övervakning

Syfte

Att skapa en nationell överblick avseende spa-typ och PVL-status hos MRSA (meticillinresistenta Staphylococcus aureus) isolerade från kliniska prover från nyanmälda fall, och därigenom bidra till kunskapsuppbyggnad som kan utgöra ett stöd till landets smittskydds- och vårdhygienenheter i deras arbete med att upptäcka och stoppa smittspridning av MRSA.

Omfattning

Alla isolat från kliniska fall av MRSA, det vill säga där MRSA påvisats vid utredning av sjukdomssymptom exempelvis från blod, sår och abscesser/mjukdelsinfektioner. I de fall där flera isolat odlats fram från samma patient skickas endast ett isolat.

Metodik

spa-typning (amplifiering och sekvensering av spa-genens variabla region X) i kombination med analys av PVL-status (PCR).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Neisseria gonorrhoeae – mikrobiell övervakning

Syfte

Att analysera spridningsmönster av gonokocker resistenta mot rekommenderad antibiotikaterapi i Sverige.

Omfattning

Omfattar isolat av Neisseria gonorrhoeae med MIC>0,125 mg/L av ceftriaxon eller cefixim och/eller MIC>256 mg/mL av azitromycin. Isolat skickas till nationella referenslaboratoriet i Örebro.

Metodik

Isolaten typas med helgenomsekvensering (MLST och NG-STAR som bland annat inkluderar generna för antibiotikaresistens penA och 23S rRNA).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Neisseria meningitidis – mikrobiell övervakning

Syfte

Att detektera utbrott och vid behov vaccinera riskgrupper/kontakter för att stoppa smittspridning. Att följa epidemiologi samt resistensutveckling och vid behov föreslå ändrade behandlingsrekommendationer.

Omfattning

Samtliga invasiva isolat av N. meningitidis samlas in. Utförs av nationella referenslabbet i Örebro.

Metodik

Helgenomsekvensering samt fenotypisk resistensbestämning.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Riktad resistensövervakning – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa utvecklingen av ovanliga resistensfenotyper, resistens mot nya antibiotika och så kallade reservantibiotika som är av särskild betydelse för behandling av svårbehandlade infektioner. Informationen syftar till att ge bättre kunskap för observerade fenotyper och deras undervarianter samt för att detektera utbrott.

Omfattning

Programmet omfattar för närvarande bakterier och resistenskombinationer som visas i tabellen. Utöver de resistenta bakterier som listas i tabellen kan andra resistenta bakterier komma att samlas in på signal i Svebar.

Tabell 2. Riktad resistensövervakning över bakterier och resistenskombinationer.
BakterierAntibiotikaresistensSyfte och innehåll
Enterobacterales Cefiderocol - R (isolat inom ATU omfattas inte) (1) Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Acinetobacter species Cefiderocol <17 mm Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Pseudomonas aeruginosa (2) Cefiderocol - R (isolat inom ATU omfattas inte) (1) Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Enterobacterales Imipenem-relebaktam – R (3) Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Enterobacterales Meropenem-vaborbaktam – R (3) Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Enterobacterales Ceftazidim-avibaktam – R (3) Följa resistensutveckling mot nyintroducerade antibiotika inklusive uppföljning av Folkhälsomyndighetens pilotstudie om tillgänglighet till viktiga antibiotika. Släktskapsanalys och detektion av relevanta resistensgener.
Enterobacterales Kolistin – R(4) Ovanlig fenotyp enligt EUCAST förväntade fenotyper. Bevakning av förekomst av mcr-gener. Kolistin är ett reservpreparat för multiresistenta gramnegativer. Släktskapsanalys och detektion av mcr-genen och dess subvarianter.
Enterococcus faecalis/faecium Linezolid – R Ovanlig fenotyp enligt EUCAST förväntade fenotyper. Bevakning av förekomst av linezolidresistens hos kliniskt relevanta enterokocker. Linezolid är ett viktigt behandlingsalternativ för VRE. Släktskapsanalys och detektion av plasmidmedierad och ribosomal linezolidresistens.
Haemophilus influenzae Cefotaxim/ceftriaxon/annan 3:e-generations cefalosporin eller karbapenem – R Ovanlig fenotyp enligt EUCAST förväntade fenotyper. Bevakning av förekomst av höggradig PBP3-resistens som ger cefalosporin/karbapenemresistens. Släktskapsanalys och detektion av mutationer i ftsI-genen, överförbara betalaktamasgener (blaTEM och blaROB) samt övriga relevanta resistensgener.
Bakterieart (5) Mycket ovanlig resistens (5) Undersökning av mycket ovanliga resistenser.

OBS! För eventuell verifiering av fenotypisk resistens ska isolatet skickas till Klinisk mikrobiologi, Karlskrona.

Nationellt referenslaboratorium för antibiotikaresistens (mikrobiologi.org)

Isolat som har skickats in under annat insamlingsprogram (till exempel ESBLCARBA, VRE) ska inte skickas in på nytt, men ange på remissen vilken fenotypisk resistens enligt ovan som isolatet har.

(1) Isolat som med diskdiffusion får ett resultat inom ATU och som inte har konfirmerats omfattas inte av insamlingen. För uppdaterad information om resistensbestämning avseende cefiderocol.

EUCAST warnings concerning antimicrobial susceptibility testing products or procedures (eucast.org)

(2) Isolat från cystisk fibros-patienter omfattas inte av insamlingen.

(3) Undantag för isolat med metallobetalaktamas-produktion som förklaring till resistensen (dessa skickas dock in under ESBL-CARBA).

(4) Undantag för arter med förväntad resistent fenotyp.

EUCAST expected phenotypes (eucast.org)

(5) Övriga mycket ovanliga fenotyper som påvisas vid kliniska mikrobiologiska laboratorier tas emot efter överenskommelse. Kontakt via kundtjänst (010-205 24 44) till agens-ansvarig mikrobiolog vid Enheten för laborativ bakterieövervakning.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Streptococcus pneumoniae (invasiva) – mikrobiell övervakning

Syfte

Att följa upp pneumokockvaccinationsprogrammet för barn. Programmet bidrar även till internationell uppföljning pneumokockvaccinationer samt utgör en baslinje för eventuell införande av vaccinationer till riskgrupper.

Omfattning

Alla invasiva pneumokockisolat samlas in.

Metodik

Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning) samt molekylär typning med MLST.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Streptococcus pneumoniae (PcG MIC≥0.5) – mikrobiell övervakning

Syfte

Att utvärdera barnvaccinationsprogrammets effekter på serotypsfördelning och associerad resistensutveckling hos PNSP samt för lokal smittspårning och tillhörande smittskyddsåtgärder.

Omfattning

Alla pneumokockisolat med penicillin MIC≥0.5 samt tillhörande resistensdata (4 antibiotika) samlas in.

Metodik

Serotypning (geldiffusion och kapselsvällning).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Salmonella spp. – mikrobiell övervakning

Syfte

Att upptäcka nationella utbrott och kluster av salmonella och ge stöd vid utbrottsutredningar. Övervakningen syftar också till att utgöra kunskapsunderlag för förståelse för smittvägar samt planering och uppföljning av preventiva och riktade åtgärder inom olika sektorer så som livsmedelsproduktion och djurhållning (One health). Resultaten används också i internationell övervakning och för att upptäcka och utreda multinationella utbrott.

Omfattning

Isolat från alla fall med inhemsk smitta av salmonella samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering med analys för art och serotyp. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Vid behov utförs även fenotypisk analys med klassisk metodik för artbestämning och serotypning.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

VRE – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med den nationella övervakningen av vankomycinresistenta enterokocker (VRE) är främst att upptäcka utbrott och kluster med nationell utbredning samt att stärka kunskapen rörande både lokala och nationella utbrott. Övervakningen syftar också till att följa eventuella förändringar i resistens samt i jämförelse med resistensdata från Svebar.

Omfattning

Samtliga VRE isolat från nyupptäckta fall samlas in.

Metodik

Helgenomsekvensering för verifiering av van-gen, plasmidmedierad och/eller ribosomal linezolidresistens. Klusteranalys för detektion av eventuella släktskap. Fenotypisk resistensbestämning på ett urval av isolat.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Virus

Hepatit A – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningsprogrammet används vid utbrottskartläggning, smittspårning och smittsambandsutredning av fall av hepatit A i landet.

Omfattning

Prov från alla fall samlas in.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylär typning (PCR).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Hepatit B – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningsprogrammet för övervakning av molekylär epidemiologi för fall med akut Hepatit B. Typningsresultaten kan i sekundärt syfte användas för studera antiviral resistens, vaccine-escape studier (virusstammar av Hepatit B-viruset (HBV) som muterat så att vaccin inte skyddar effektivt). Den molekylära typningsmetodiken möjliggör dessutom att påvisa smittkedjor vilket kan användas för att rikta preventionsinsatser.

Omfattning

Folkhälsomyndigheten samlar in samtliga serum- eller plasmaprover från alla fall med akut HBV infektion.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylärt typning (PCR och sekvensering).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Influensa – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att kunna informera sjukvård, myndigheter och allmänhet om förekomst och spridning av influensa i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och klinisk handläggning. Den nationella Influensaövervakningen består av sentinelprovtagning samt den virologiska övervakningen med molekylär typning och virusisolering. På detta sätt följs vilka influensastammar som cirkulerar i landet, om de liknar vaccinstammarna och om antivirala medel är effektiva. Utöver övervakning har Folkhälsomyndigheten en pandemiberedskap som övervakar och etablerar diagnostik för influensa med pandemisk potential.

Genom den nationella virologiska influensaövervakningen bidrar Sverige tillsammans med många andra europiska länder också till valet av stammar som ska ingå i nästa säsongs influensavaccin.

Omfattning

Influensaövervakningen bedrivs mellan vecka 40 på hösten och vecka 20 på våren. Sentinelprovtagning innebär att deltagande allmänläkare, vårdcentraler samt barn- och infektionskliniker, varje vecka tar näsprover från patienter med influensaliknande sjukdom (ILI, ARI) och skickar in dem till Folkhälsomyndigheten för analys (sub- och linjetypning). Genom sentinelprovtagningen fastställs hur många personer med influensasymtom som faktiskt har influensa.För den virologiska övervakningen ombeds de svenska laboratorierna att skicka in ett urval influensapositiva prover för sub- och linjetypning, molekylär karaktärisering av vaccinlikhet och resistens. Alla analyserna är standardiserade enligt WHO.

Metodik

För analys av prov genomförs molekylär påvisning och typning (PCR, sekvensering) samt virusisolering enligt WHO:s riktlinjer.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Mässling – mikrobiell övervakning

Syfte

Mässling övervakas för att följa effekterna av vaccinationsprogrammet och för att uppfylla Världshälsoorganisationens och Sveriges krav på övervakning för att verifiera elimineringsstatus. Övervakningsprogrammet samt typning används även för att möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation, upptäcka eventuella vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland (inhemskt respektive utlandssmittade).

Omfattning

Årligen analyseras ca 30–100 prov för fördjupad genotypisk analys (typning) och/eller bekräftande serologi.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys (IgM och IgG) valideras mot WHO:s regionala laboratorium.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Parotit – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att uppfylla nationella krav för övervakning av vaccinsjukdomar. Övervakningsprogrammet används för att upptäcka anhopning av fall, möjliggöra smittspårning vid utbrottssituation (eller sporadiska fall), upptäcka ev. vaccingenombrott samt kunna fastställa sannolikt smittland.

Omfattning

Årligen analyseras ca 30–50 prov för fördjupad genotypisk analys och/eller bekräftande serologi.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering) genomförs enligt WHO:s riktlinjer. Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Polio/enterovirus – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med programmet är övervakning och certifiering av ett poliofritt Sverige enligt uppdraget från Socialdepartementet och Världshälsoorganisationen (WHO). Ett sekundärt syfte är övervakning av övriga enterovirus (exklusive polio) i prover ifrån patienter med enterovirusorsakad meningoencefalit.

Omfattning

Enligt Folkhälsomyndighetens föreskrifter om poliodiagnostik vid virusorsakad meningoencefalit (HSLF-FS 2015:5) skall ett virologiskt laboratorium, vid fynd av enterovirus i prover ifrån patienter med meningoencefalit skicka avföringsprov till Folkhälsomyndigheten för typning av enterovirus och uteslutning av polio. Årligen analyseras 300-500 prov.

Metodik

För analys av prov genomförs både virusisolering enligt WHO:s riktlinjer samt molekylär serotypning (PCR och sekvensering).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Rotavirus – mikrobiell övervakning

Syfte

Syftet med övervakningsprogrammet är att skapa en baslinjestudie för Sverige avseende rotavirusgenotyper inför införande av rotavirusvaccination i det allmänna barnvaccinationsprogrammet. Vid införande av ett nytt vaccin är det viktigt att genomföra studier som utvärderar vaccinpåverkan och effektivitet för att kunna besluta om rekommendationer för dess framtida användning samt för att tillåta en mer exakt uppskattning av effekterna av gällande vaccinationsstrategier.

Omfattning

Övervakningen består i en frivillig insamling av positiva rotavirusprover från mikrobiologiska laboratorier för molekylär typning på Folkhälsomyndigheten. Prover insamlas året runt och ett urval analyseras i slutet av kalenderåret. Årligen analyseras 100–200 prover. Urvalet görs så att en balanserad fördelning av kön/län/ålder erhålls.

Metodik

Molekylär typning (PCR och sekvensering).

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

Rubella – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakning genomförs för att uppfylla Världshälsoorganisationens (WHO) och Sveriges krav för att verifiera elimineringsstatus av rubella.

Omfattning

Årligen analyseras 1–50 prov.

Metodik

Serologisk analys med ELISA (IgM och IgG) vilken valideras mot WHO:s regionala Laboratorium. Alla prov som tyder på en pågående rubellainfektion samlas in.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)

SARS-Cov-2 – mikrobiell övervakning

Syfte

Övervakningen har som syfte att öka kunskapen om förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning. Därutöver övervakas befolkningens immunitet mot sjukdomen, exempelvis görs uppföljningar efter covid-19 vaccination.

Omfattning

Målet är att sekvensera 2 000 prov per vecka för riket med ett representativt urval baserat på regionernas befolkningsstorlek (se tabell).

Inklusionskriterier:

  • Samtliga prov från fall med reseanamnes från annat land.
  • Samtliga prov från slutenvård och i följande prioriteringsordning:
    • Intensivvårdade patienter.
    • Övriga sjukhusvårdade patienter. Om antalet överstiger kvoten för regionen görs ett representativt urval
  • Övriga prov. I de fall den regionala kvoten inte fylls av prover från inklusionskriterierna inkluderas prover tagna i primärvården och från personal i vård och omsorg. Dessa ska utgöra ett representativt urval för regionen.

SARS-CoV-2-analyser inkluderas även i sentinel-övervakningen för influensa.

Utöver ovan övervakning genomförs riktade nationella stickprovsundersökningar av pågående infektion av SARS-CoV-2 och mätningar av SARS-CoV-2-specifika antikroppar efter infektion eller vaccination. Undersökningarna omfattar ett slumpmässigt urval av deltagare i befolkningen eller vid behov genom riktade urval.

Tabell 1. Tabell som anger antal prov som typas per vecka med ersättning.
RegionAntal prover per vecka
Blekinge 30
Dalarna 55
Gotland 12
Gävleborg 55
Halland 65
Jämtland 25
Jönköping 70
Kalmar 47
Kronoberg 39
Norrbotten 48
Skåne 268
Stockholm 462
Södermanland 58
Uppsala 76
Värmland 54
Västerbotten 53
Västernorrland 47
Västmanland 53
Västra Götaland 334
Örebro 59
Östergötland 90
Summa riket 2 000

Metodik

För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. Vid stickprovsundersökningar används luftvägs- och kapillärprovtagning för påföljande PCR- och antikroppsanalys samt helgenomsekvensering. Den serologiska analysen inkluderar mätningar av mängden antikroppar mot olika SARS-CoV-2 proteiner inklusive mängden neutraliserande antikroppar.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

Till sidans innehållsförteckning | Till översikten (Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram)