Nationellt referenslaboratorium för nya eller okända smittämnen, inklusive metagenomik
Här finns information om analyser, svarstider, avgifter och uppdragsbeskrivning.
Ansvarigt laboratorium
Folkhälsomyndigheten
- Avdelningen för mikrobiologi
- Avdelningschef: Sara Byfors
Kontaktuppgifter och tillgänglighet
Referensfunktioner nås genom laboratoriets ordinarie kontaktvägar för läkarkonsultation.
Kundtjänst mikrobiologi (folkhalsomyndigheten.se)
Vid brådskande behov utanför kontorstid kan fråga anmälas till KMiB, på telefon 010-205 24 00, för vidareförmedling till NRL med svar under kontorstid.
Ledare av NRL: Maria Lind Karlberg, docent, utredare.
Referensdiagnostik
Folkhälsomyndigheten tillhandahåller nedan analyser för påvisning av nya och okända smittämnen.
| Analys | Svarstid | Avgift |
|---|---|---|
| Metagenomik för generell detektion av okänd patogen (a) | 3-7 arbetsdagar | 22 660 kr |
| Viruspåvisning, elektronmikroskopi | 1-3 arbetsdagar | 2 390 kr |
| Helgenomsekvensering bakterier | 2-4 arbetsdagar | 2 520 kr |
| 16S analys med NGS (a) | 2-4 arbetsdagar | 1 720 kr |
(a) Analysen utförs endast efter kontakt med Folkhälsomyndigheten på 010-205 24 44.
Utöver ovan tillkommer beroende på situation avgifter enligt tabell 2.
| Analys | Avgift |
|---|---|
| Metagenomik för generell detektion av okänd patogen - ytterligare provmaterial | 6 180 kr |
| Tillägg riskklass 3, extraktion i säkerhetslaboratorium | 1 800 kr |
| Konfirmerande analys, sekvensering riskklass 3 | 4 800 kr |
| Konfirmerande analys virusisolering riskklass 3 i säkerhetslaboratorium | 8 130 kr |
| Tillägg riskklass 4 extraktion i säkerhetslaboratorium | 4 200 kr |
| Konfirmerande analys, sekvensering riskklass 4 | 6 005 kr |
| Konfirmerande analys virusisolering riskklass 4 i säkerhetslaboratorium | 12 605 kr |
Avgifter enligt avtal 2019-01-01 har uppdaterats 2022-04-29. Dessa kan årligen höjas motsvarande landstingsindex/ konsumentprisindex (LPI/KPI), eller vid behov högre efter förankring i SLIM styrgrupp.
Folkhälsomyndigheten svarar ut på papper eller elektroniskt via LabPortalen till Karolinska, Sahlgrenska, Uppsala, Linköping kopplas E-svar till journalsystemet.
LabPortalen/eRemiss (infosolutions.se)
Referensmaterial
Bedöms inte som relevant.
Expertstöd
Folkhälsomyndigheten ger expertstöd och rådgivning till behandlande läkare vid utredningar av patienter där misstanke om okänt smittämne föreligger.
Utveckling och samverkan
Inom verksamheten utvecklas och valideras nya metoder vid behov, detta görs i egen regi eller i samverkan med andra internationella laboratorier. En plattform för nya och okända smittämnen har etablerats. Plattformen består av möjlighet till propagering/isolering/odling av virus, bakterier och parasiter tillhörande skyddsklass 2, 3 och 4; ljus-, konfokal och elektronmikroskopisk analys samt möjligheten köra massiv parallell-sekvensering (NGS) för 16S rRNA gen- och helgenomsekvensering samt metagenomik följt av avancerad bioinformatisk analys. Metagenomik innebär att total nukleinsyraextraktion (RNA och/eller DNA) från patientmaterial följt av NGS och bioinformatik där humana sekvenser subtraheras bort för att påvisa nukleinsyra tillhörande mikroorganismer.
Medarbetare vid Folkhälsomyndigheten deltar regelbundet i internationella möten och konferenser för att skapa nätverk och uppdatera sig om aktuella rön och nya applikationer av NGS inklusive specifikt metagenomik.
Omvärldsbevakning och beredskap
Folkhälsomyndigheten får via sitt uppdrag som nationell fokalpunkt för bland annat WHO och EU tidigt ta del av en rad olika internationella utbrottsvarningar (till exempel från ECDC [EWRS] och WHOs kommunikation). Myndigheten är dessutom Sveriges representant (national microbiological focal point) för ECDCs olika nätverk och myndigheten får dagliga uppdateringar om aktuella internationella smittskyddsrelevanta händelser.
Myndigheten deltar vidare i Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network, EVD-labnet, ett nätverk av laboratorier med expertis inom vektorburna/zoonotiska virala smittämnen. Myndigheten deltar också i det europeiska nätverket av säkerhetslaboratorium som drivs inom ramen för EU Joint Action SHARP och som koordineras från Roberth Koch Institutet i Tyskland. Samarbete omfattar bland annat diagnostik av högpatogena mikroorganismer. Myndigheten har genom dessa nätverk kontakter med andra europeiska laboratorier för dialog kring frågeställningar avseende nya smittämnen.
Den omfattande omvärldsbevakning som finns vid myndigheten ligger till grund för beslut om etablering av nya diagnostiska metoder.