Mikrobiellt övervakningsprogram för SARS-CoV-2

Syfte

Övervakningen har som syfte att öka kunskapen om förekomsten och spridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och därmed bidra till att ge bättre förutsättningar för planering och åtgärder för regioner, myndigheter och andra aktörer i samhället. Övervakningen omfattar både löpande molekylär typning med helgenomsekvensering och prevalensstudier i olika kohorter med PCR samt tvärsnittsstudier med antikroppspåvisning. Därutöver övervakas befolkningens immunitet mot sjukdomen, exempelvis görs uppföljningar efter covid-19 vaccination.

Omfattning

Målet är att sekvensera 2 000 prov per månad för riket med ett representativt urval baserat på regionernas befolkningsstorlek (se tabell 1).

Inklusionskriterier:

• Samtliga prov från fall med reseanamnes från annat land.
• Samtliga prov från:
  • Intensivvårdade patienter.
  • Övriga sjukhusvårdade patienter samt fall bland omsorgstagare inom särskilda boenden. Om antalet överstiger kvoten för regionen görs ett representativt urval
• Övriga prov:
  • I de fall den regionala kvoten inte fylls av prover från inklusionskriterierna inkluderas prover tagna i primärvården. Dessa ska utgöra ett representativt urval för regionen.

SARS-CoV-2-analyser inkluderas även i sentinel-övervakningen för influensa.

Utöver ovan övervakning genomförs riktade nationella stickprovsundersökningar av pågående infektion av SARS-CoV-2 och mätningar av SARS-CoV-2-specifika antikroppar efter infektion eller vaccination. Undersökningarna omfattar ett slumpmässigt urval av deltagare i befolkningen eller vid behov genom riktade urval.

Metodik

För analys av prov genomförs nukleinsyrapåvisning med PCR enligt WHOs riktlinjer samt helgenomsekvensering. Prov för sekvensering väljs med avseende på geografisk och tidsmässig spridning. Vid stickprovsundersökningar används luftvägs- och kapillärprovtagning för påföljande PCR- och antikroppsanalys samt helgenomsekvensering. Den serologiska analysen inkluderar mätningar av mängden antikroppar mot olika SARS-CoV-2 proteiner inklusive mängden neutraliserande antikroppar.

Rapportering och analys

Förutom angivna intervall kan rapportering ske oftare om särskilda behov föreligger, exempelvis vid utbrott. Resultat finns tillgängliga via sjukdomsstatistik för respektive agens/sjukdom eller på utbrottssidan.

• Sjukdomsstatistik covid-19 (årsrapporter)
• Covid-19 veckorapporter
• Undersökningar och studier om covid-19 i befolkningen
• Utbrott vi särskilt bevakar

Läs mer

Mikrobiella och immunologiska övervakningsprogram