För att typning ska kunna utföras måste bakterierna först isoleras. Detta sker vid lokalt laboratorium. Att isolera ehec, som är en toxinbildande E. coli, är utmanande. Vanliga E. coli, som är en del av normalfloran, har ofta samma kolonimorfologi och därför behövs selektiva medier.
Mer i rapporten: Ehec-diagnostik: från påvisning till isolering
Andelen isolerade ehec per år utgör 50–60 procent av de rapporterade fallen. Isoleringsfrekvensen kan variera mycket mellan olika laboratorier och den är oftast högre för prov från personer som smittats i Sverige. Helgenomsekvenseringen ger information om serotyp, sekvenstyp, shigatoxinsubtyp och andra relevanta resistens- och virulensmarkörer. En klusteranalys utförs för varje prov som inkommer för att utröna om isolat kan ha ett gemensamt ursprung eller ej som ett redskap för utbrottsdetektion.
Sedan 2016 har kvartalsrapporter sammanställts över typningsresultaten. I årets sista kvartalsrapport sammanställs typningsdatan för hela detta år. Äldre rapporter som inte går att finna nedan kan erhållas genom att kontakta myndigheten.
För äldre kvartalsrapporter än de som listas nedan hänvisas till Kundtjänst Mikrobiologen, kundtjanst.mikrobiologen@folkhalsomyndigheten.se.